有數據表明，焚燒秸稈時，大氣中二氧化硫、二氧化氮、可吸入顆粒物三項污染指數達到高峰值，其中二氧化硫的濃度比平時高出1倍，二氧化氮、可吸入顆粒物的濃度比平時高出3倍，相當于日均濃度的五級水平。當可吸入顆粒物濃度達到一定程度時，對人的眼睛、鼻子和咽喉含有黏膜的部分刺激較大，輕則造成咳嗽、胸悶、流淚，嚴重時可能導致支氣管炎發生。

秸稈焚燒，極易引燃周圍的易燃物，尤其是在山林附近，一旦引發大火，后果將不堪設想。

由于大部分高速公路兩旁有大量的農田，焚燒秸稈形成的煙霧，造成空氣能見度下降，可見范圍降低，容易引發交通事故。

焚燒秸稈使地面溫度急劇升高，能直接燒死、燙死土壤中的有益微生物，影響作物對土壤養分的充分吸收，直接影響農田作物的產量和質量，影響農業收益。